Dans un univers parallèle, la ville de Jesus Town est menée de main de fer par Gurjev qui contrôle les forces de police dirigées par le robot Mickael. C'est alors que survient Hakaider. Robot doté de capacités de combat le rendant redoutable, il entre de force dans la ville et cherche à attaquer Gurjev. Sa route croise alors celle d'un groupe de rebelles...

L'armée américaine procède dans une usine désaffectée à des recherches concernant la mort, et tente de mettre au point un vaccin permettant de faire revenir à la vie. À la suite d'une erreur, l'expérience tourne court et les morts-vivants prennent peu à peu la place, au sein de l'usine, des vivants... Dans cette même usine, une bande de malfrats a donné rendez-vous à des yakusas pour procéder à un échange de bijoux. À la suite d'une altercation, les deux clans vont se retrouver confrontés aux zombies.